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会社のメールサーバーがPOP3と呼ばれる形式のサーバーを使われているようです。SBMのEメール(i)のIMAP4やKDDIの即時着信するEメールのExchangeサーバーと違い、大量のメールを常時サーバーに保存しておいてそこを自由に見に行くという物ではなく、受信したら基本的にサーバーからは消してしまうという比較的古いタイプのメールサーバーを使われている物と思われます。昔は常時ネットには接続できるようなことは不可能でしたし、サーバーに何千何万人がそれぞれ数百MBのディスクスペースを持つなんて事も不可能でしたから、メールは受信したら消すというのが常識でした。

つまり、あなたの会社のPCのメーラーの設定がサーバーからメールを受信したら、サーバーから消すという設定になっているので、先に会社のPCで受信してしまうと後でiPhoneからメールを受信しようとしてもメールはすでに無いのです。そして先にiPhoneで受信した場合は、サーバーにはまだメールがあるのでiPhoneで受信ができるようになっているわけです。

ですので、会社のPCのメーラーの設定を変えて、メールを受信してもサーバーからはメールを削除しないという設定にすればいいわけです。方法は社内のシステム管理者に聞いてください。こちらとしては、そちらがどんなメールシステムを使っているのか、PVのメーラーが何かも判らないのでは答えられませんので。そちらも会社の設備に関する細かい情報を書くこともできないでしょうし。

ただし、どこかでメールを削除しなければ、メールサーバーのあなたに割り当てられたディスクスペースはあっという間にパンクしてしまいますので、それ以降メールがサーバーそのものに受信されずに、エラーで発信者に返されてしまいますのでどこかで削除する必要があります。今とは逆にiPhoneで受信したら消してしまうか（そうすると今度は会社のPCでメールが見られなくなりますが）、時間で勝手に消してしまうか（今度は会社を数日休んだらメールが勝手に消されていたとかいうことになります）などの設定にする必要があるでしょう。

前提が間違っていて全く見当違いかもしれませんが、状況から想像する解決方法はこんな感じです。まずは会社のシステム管理者にご相談ください。

補足を読んで……

だからPCでメールを受信してもサーバーからメールを削除しないという設定があるといっていると思いますが？サーバーからは消さないのですから、iPhoneからアクセスすれば同じメールを受信できます。そしてPCでもiPhoneでも誰も消さないのであればサーバーがパンクしますよといっているのです。