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もちろん新しくなったiPhoneの中は何も入っていません。

ですから、普通の人はパソコンかiCloudのどちらかに「同期」と「バックアップ」をしておいて、新しいiPhoneをもらってきて初期設定をするときに、過去のバックアップを引き継ぐ作業をするのです。

「iOS：iTunes との同期」
http://support.apple.com/kb/HT1386?viewlocale=ja_JP
「iOS：バックアップ方法」
http://support.apple.com/kb/HT1766?viewlocale=ja_JP
「iTunes：iOS のバックアップについて」
http://support.apple.com/kb/HT4946?viewlocale=ja_JP
「iCloud：バックアップと復元の概要」
http://support.apple.com/kb/HT4859?viewlocale=ja_JP

二番目のドキュメントにバックアップにAppが含まれている様に書かれていますが、これはこの記述が間違っています。アップルのサポートに確認しました。三番目のドキュメントのappは含まれませんが正しいそうです。

というか、今まで同期とかバックアップしてなかったのかな？iPhone落としたり盗まれたりしたときはどうするつもりだったのでしょう？

補足を読んで……

そうであれば、その最後に取ったときの状態に戻せます。ただし、環境の復元は、全アプリの再ダウンロードなどをすることになりますので、バックアップに比べると時間がかかりますので、時間に多少余裕のあるときにやらないと中途半端な状態で中断、再開を繰り返すことになりますので注意してください。iCloudバックアップをされていたようですので、4番目のドキュメントと、そこからの関連情報に目を通しておいた方が良いでしょう。