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「同期」はきちんとされていたのでしょうか？環境を引き継ぐには「同期」と「バックアップ」の両方が完璧にできている必要があるのですが……

アプリで言えば、アプリ本体（プログラムそのもの）は「同期」によりiTunesのライブラリのApp（Mobile Applecationディレクトリ）に保管され、アプリのデータは「バックアップ」でバックアップディレクトリにバックアップファイルにまとめて保管されます。ですので、「同期」だけで、バックアップが不完全だと、アプリだけが戻りデータが空、「バックアップ」だけで「同期」が不完全だと、データだけでアプリがないので何もないようにしか見えないという状態になります。

今回は後者のケースではないかと推測します。パソコンのiTunesのライブラリのAppを確認してみてください。今までのアプリが全てそろっていますか？そろっていないとしたらアプリの同期がうまくいっていなかったのでしょう。

この場合の対応策は、iPhone 4Sを接続して「購入した項目を転送」コマンドを実行するか、パソコンのiTunesのiTunes Storeで過去に購入した（無料で購入した物も含む）アプリを全て再ダウンロードして、ライブラリのAppにそろえておいてから、再度iPhone 4Sのデータの引き継ぎ作業をやり直せば良いと思われます。いTunes Storeの「購入済み」機能を使えばどんなアプリがあったか思い出す必要も無くなって便利だと思われます。その上で、iPhone 5sを「復元」して初期設定作業をやり直しても良いですし、「バックアップから復元…」でまとめて実行しても良いでしょう。

メールアカウントに関しては、バックアップをとるときに暗号化をする方のラジオボタンをオンにしないと、各種アカウントのパスワード（正確にはアップルのキーチェイン）がバックアップに含まれませんのでそういった物が復元されません。また、キャリアのプロファイルで設定されるメールアカウントは暗号化してあってもどうしようもありませんので、キャリアの手順で再設定してください。どちらのキャリアで契約されているのかが書いてありませんので具体的なお話はできませんので、どちらでも通用する話にぼかしてあります。

アプリや音楽はアウトです。

アプリは再度購入 無料
音楽は、CDから入れ直し、です