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PCが通常どおり動作している分には、
・HDDが500GBであっても1TBであっても
・またCドライブだけでもCドライブ・Dドライブに分かれていても
あまり不自由は感じないかも知れません。

問題は、PCが通常どおり動作しなくなった場合です。
（私の例で恐縮ですが）
私は
Cドライブには、OS（「Windows 7」）とアプリケーションソフトのみ
Dドライブには、すべてのデータ
としています。
Dドライブのすべてのデータとは、
・Office製品（「Word」「Excel」データ等）
・音楽関係「iTunes」「Windows Media Player」音楽曲データ
・映像関係「StationTV」という地デジTV録画データ
ㅤ「Windows Media Center」データ
・メール関係「Outlook」データ
・日本語登録関係「ATOK」データ
・住所管理関係「筆まめ」住所録データとイラスト集
・「Wall Paper」関係データ
等々。

どのOSを使用していても、長く使っていると不要なものも蓄積され、不具合も出て来ます。
“最近PCが遅くなった”“最近PCが重くなった”等は典型的です。
小手先の設定変更や削除等で回復すればそれはそれで良いのですが、最後の手段であり最良の手段は「リカバリ」です。

「リカバリ」は通常Cドライブにインストールします。
ハードディスクが2つあり、それぞれCドライブ、Dドライブであった場合の例

ㅤㅤㅤㅤWindows「OS」
ㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ｜（リカバリ）
ㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ↓
ㅤ｜Cドライブㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ｜Dドライブㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ｜
ㅤ｜ㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ｜ㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ｜
ㅤ｜Windows「OS」ㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ｜すべてのデータㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ ｜
ㅤ｜アプリケーションソフトㅤㅤㅤㅤㅤ｜ㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ｜
ㅤ｜ㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ ｜ㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ｜

ですから、
・Cドライブ内の「OS」やアプリケーションソフトは消えますが・・・・
・Dドライブのデータは消えません。
※アプリケーションソフトの再インストール後データの場所設定等が必要なものもあります。

これに対し
ハードディスクが1つで、Cドライブのみであった場合の例

ㅤㅤㅤㅤWindows「OS」
ㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ｜（リカバリ）
ㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ↓
ㅤ｜Cドライブㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ｜
ㅤ｜ㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ ㅤ ｜
ㅤ｜Windows「OS」ㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ ㅤㅤㅤ ｜
ㅤ｜アプリケーションソフトㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ ㅤ｜
ㅤ｜すべてのデータㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤㅤ｜
ですから、
・CドライブのみのPCであればデータもすべて消える事になります。

また、
HDDの物理的障害は如何ともしがたいですが、論理的障害は他のパーティション（「Cドライブ」「Dドライブ」等）には波及しませんので、そうした意味でもパーティション分割には意味があります。

※パーティション分割をするしないにかかわらず、予防的な意味での定期的なバックアップは必要です。


以上、ご参考まで。