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SONY製ブルーレイレコーダーにS-VHSなどのアナログソースをアナログ端子からの録画する場合に画質に関わるのは
S端子・コンポジット端子の入力端子の違い、入力された映像ソースをエンコードするAVCモードのビットレートの違い、AVCエンコード回路の性能などが重要になります。

＞ディスクに記録される画質（データ？）はAX2700Tなど上級期と比べてやはり変わるものなのでしょうか？
同じ世代の機種、例えばBDZ-AT970Tなどであっても、AVC周りの回路は共通化されており同じAVCモードでの録画なら「録画時の画質」は変わりません。
BDZ-AX2700Tは主にCREAS Proによって高度な映像処理が出来るので「再生時の画質」で差が出ます、しかし映像ソースがS-VHSの場合は解像度が低いので再生時に差が出る可能性は低いと思われます。

SONY製ブルーレイレコーダーの場合はAVC録画時に映像によってビットレート配分を最適化するインテリジェントエンコーダーが世代によって性能差があり
BDZ-X95ではインテリジェントエンコーダー、BDZ-AX2700Tが発売された同年の全ての機種にはインテリジェントエンコーダー3が搭載されており、BDZ-X95でのAVC録画と比べインテリジェントエンコーダーに性能差があるので、BDZ-AT350Sであってもインテリジェントエンコーダー3を搭載しているので、同じAVCモードで録画した場合でも「録画時の画質」に差が出る可能性があります。

S-VHSを出来る限り高画質でデジタル化したい場合は、S端子接続、出来る限りの高ビットレート、最新型のAVC回路、この3つを揃えるのがベストですが、2012年秋の最新モデルではS端子が全廃、またBDZ-ET未満の、BDZ-EWシリーズ以下はインテリジェントエンコーダー3と再生時の画質補正回路のCREAS 4が搭載されていないので、録画時の画質も再生時の画質もBDZ-X95より劣る可能性が高いです。
BDZ-ETシリーズはCREAS 4とインテリジェントエンコーダー3は搭載されておりますが、ご質問の通りS端子はございません。

私見ですが、BDZ-AX2700TまたはBDZ-AT970TなどS端子とインテリジェントエンコーダー3が搭載されている2011年モデルの在庫品を探し入手し、S-VHSの映像ソースをデジタル化する事が最も無難な選択だと思われます。