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Audacityは使ったことがないので分かりませんが、Cubaseは
自分でも使っているので、こちらに絞って回答します。

まず、Cubaseはパソコン(Windows)での再生・録音の設定
とは無関係なので、ここでどのように設定されていても音が
録音できないこととは無関係だと思います。

また、I/Oを認識しなくなったとありますが、その状態でCubase
を起動すると設定がデフォルトに戻ってしまうので、そのまま
再設定せずに録音すると、今回の様な症状になる可能性があります。

したがって、Cubaseの上部メニュー「デバイス」→「デバイス設定」
→「VSTオーディオシステム」→「ASIOドライバー」の項目と
上部メニュー「デバイス」→「VSTコネクション」→「入力」の2箇所
の設定がUS-122MKⅡになっているか確認してみてください。
下記TASCAMのページにあるチュートリアルビデオを見ると分かりやすい
と思います。

http://tascam.jp/product/us-122mkii/videos/

▼補足への回答
まず、マイクは通常モノラルなので、ステレオのトラックで録って
しまうと片方だけ無音になってしまいます。
ノイズの件は分かりませんが、Audacityでもモノラルのトラック
に録音しなければならないんじゃないですかね。

ですので、Cubaseの設定でもチュートリアルビデオの2:54の
とこで追加するのは通常「構成：モノラル」、「数：１」になりまして、
デバイスポートにはマイクを接続しているanalogのL又はRを指定する
ことなります。
※動画の通りステレオしかない状態でも、オーディオトラック作成の際、
入力をステレオの片側だけに指定すれば録音できますが、一般的には
モノラルマイクを接続する時はモノラルでバスを作成します。

ついでに、この動画だとその後4:30のとこでオーディオトラック追加、
モニタリングボタンONと進めていますが、この時、画面左側にある
「左-Stereo In」と書かれている入力欄の設定が実際にマイクが接続され
ているポートと違っていると録音できません。ここも確認してみてください。
動画の内容をよく見ずに案内してしまったのですが、最初からきちんと
見てみたら、ちょっとこれはなぁと思える内容ですね……。

あとは、もしこういう設定の問題でないとすると接続等の問題も
あるかもしれないので、念のためUSB等の各ケーブルの抜き差し
をしてみたり、PCの別のポートにUSBハブ等を使わず、直接USB
ケーブルを接続してみてください。
USB機器だと、特定のUSBポートでのみうまく動かないというのも
たまにあるので。