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SHQとHQの違いはFE-200の説明書(P.23)にありますようにJPEGへの
圧縮率の違いです。SHQは低圧縮でHQは標準圧縮となっています。

御存知かと思いますが、JPEGは非可逆圧縮方式が一般的に行われており、
主に空間周波数の低い部分の情報を間引くことでデータを圧縮し、
画像あたりのファイルサイズを小さくしています。

圧縮率を低く設定し、できるだけ情報量を保とうとしているのがSHQで、
標準的な圧縮率を持っているのがHQです。

単純にSHQの方がHQより高画質との認識で構わないのですが、
その差はさほど大きくなく、初期設定としてはHQとなっています。

多少容量が大きくなったとしても、高画質で画像を残したいと考える
ならばSHQに設定しておいた方が良いでしょう。