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スマートにするなら、純正ナビから、タイムアライメント付きのハードディスクナビなどへ変更することです。
変にハイローコンバーター使って、もう１台のデッキでコントロールとか考えない方がよいと思います。
私はプリウスですが、アルパインのX-088で、言われるような定位が出来ています。他にもカロッツェリアのサイバーナビも同様可能です。
もう一つ、ケンウッドの廉価品サブウーハーではおそらく低音が後ろに引っ張られると思います。つまり低音が前（運転席と助手席
のセンター）から聞こえる様にすることは難しいと思います。
補足より
この純正デッキを置いておくという前提であれば、純正のスピーカー出力をＲＣＡ出力に変換し、さらに外部のプロセッサーやデッキを通してタイムアライメントを使うと言うことになり、音像は多少動くとは思いますが、音質自体の劣化が心配です。ＣＤや、メモリーだけでよければ、別売りのデッキを装着し、ＡＵＸ入力で純正システムに取り込むと言うことは出来ます。
ただあまりにももったいないし非効率だとおもいます。