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アレックスに搭載されているエンジンは希薄燃焼タイプではありませんが、今時のエンジンはアイドル時に希薄燃焼制御をしているものが大半です。よって、渋滞などでアイドル状態が多い使い方をするとカーボンが溜まりやすくなります。車齢6年とのことですが走行距離はどのくらいですか？バルブというのはEGR（排気ガス再循環）制御バルブ、またはアイドルコントロールバルブだと思いますが、トヨタ車に限らず使用状況によっては3万キロ程度でカーボンによる汚損が生じてケースがありますので清掃または交換ということになります。清掃して機能が回復するかどうかは部品を外して見ないとわかりませんが、部品1万円、工賃1万円といったところではないでしょうか。ディーラーの工賃は割高なので、どうせ脱着するなら部品の値段を考慮して清掃よりも交換の方が得策だと判断したのだと思います。
なお、今の時点で希薄燃焼をやっているメーカーは世界的に見てもBMWくらいのものです。VWも、数年前にトヨタから供与を受けた技術で希薄燃焼ＦＳＩエンジンを作っていました。しかし、一段と厳しくなったNOｘ（窒素酸化物）規制への対応費用が嵩むので今はストイキ（通常燃焼）に戻しています。
希薄燃焼エンジンでは、NOｘ発生を抑えるためにEGR量を増やすので、燃焼室回りにカーボンが溜まりやすくなります。トヨタもそれはわかっているので、もし質問者のエンジンがそれに該当するのであれば無償で対応してくれるでしょう。しかし、アレックスはそうではないと思います。
なお、今でも希薄燃焼を採用しているBMWは高価なNOｘ吸蔵触媒を搭載して対応していますが、ライフはメーカー公表値で8万ｋｍだそうです。8万ｋｍ走行後に、部品代だけで１０万円を超える触媒の交換が必要になると思うとちょっと引いちゃいますね。
トヨタを含めて他のメーカーが直噴を止めたのはそのような理由があるからだと思います。
●VWとトヨタの技術提携： http://d-wise.org/b9910/car.pdf
●BMWの希薄燃焼エンジン： http://www.nikkei.com/tech/trend/article/g=96958A9C93819499E0E2E2E0888DE0E2E2EAE0E2E3E2E2E2E2E2E2E2;p=9694E0E7E2E6E0E2E3E2E2E0E2E0