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E90とE60ではメンテナンスの基本価格が若干異なります。
当然E60の方が高く設定されています。
ただ、消耗品や故障の状況により、基本価格に加算されるので、一番影響するのは車の程度です。
認定中古車であれば、BMW自身で程度の確認が行われているので、現物を確認するのが一番でしょう。
程度の良いものであれば、E60でも大きな出費にはならないはずです。

購入する上で一番大きな差はボディーサイズです。
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車両保険は購入した時の車両価格（購入価格ではなく、メーカーのリストプライスです）から、経過した年数（月数）により保険会社が独自に車両保険の設定価格を決めています。
BNWの場合、概ね１年で２割強下がります。
E60とE90の新車登録からの期間に依存します。
２年以上経っていれば、同じエンジングレードだったらかなり差は少なくなっているはずです。
保険会社によって価格設定が異なりますから、保険会社に聞いてみるか、複数の保険会社に見積をとってみるのが良いでしょう。