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A6って、排気量か仕様（標準/Sライン）で最低地上高が異なると思います。
前者のほうが低く120mmですが、後者は140mm程度だったはずです。 Sラインが車高低となるサスを装着するため。
12cmは確かに低いですが、それが先端・後端だったかどうかによると思います。 Sラインはリップスポイラーなど付くと低くなりますが、タイヤ後部の整流板かもしれませんよ。 であれば日常的に底を擦ることはまず無いと思います。
何かを乗り越えたければ、オールロードを選んだ方が良いでしょう。

で、530iとA6との比較ですが、私はA6を選びます。
ステーションワゴン形式だからこそ、FRよりAWDの安定性で長距離移動を楽にこなしたいし、静粛性もA6のほうが上だと思います。 またアウディってAWDでも最小回転半径が大きくないので、大きいA6も取り回しに難儀するほどではないでしょう。

もう一つ。 5erとA6云々ではなく、BMWって全般的に、FMCすると急にそれまでが古めかしく見えるデザインだなと感じます（計画的陳腐化か）。 アウディ（やメルセデス）はそれ程でも無い。 5er・A6ともFMCは遠くないと思われ、その辺を勘案してもいいでしょう。 A6の場合、アウディ内における旧式プラットフォーム（エンジン等のマウント位置変更とクワトロの駆動力配分）を使っており、FMCで刷新されるはずだから、そこだけ気にならなければいいと思います。