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そもそも何故DIN(Deutsches Institüt für Normung)規格が採用されたか考えればわかると思います。
オーディオ等の電装品は、高級車用に多くの市場がありました。
当時の高級車は輸入車（特にドイツ車）が多く、そこで開発されたオーディオ等の電装品が日本車にも使われました。
そのため、DIN規格(ドイツ連邦規格）がそのまま採用されたのです。
現在の日本車はオーディオ等の電装品は標準装備化が進んできたので、わざわざDIN規格に縛られる必要がなくなったのです。
DIN規格に縛られないため、車両の設計も製造も対応コストを抑えることができ、コストパフォーマンスの向上に貢献しています。
確かに純正部品しか使えない点のデメリットはありますが、購入者が購入時に装備するのが多く、後で装備するケースが少なくなっている点から、大多数の人には問題では無いのが実情だと思われます。
純正以外で後付けする希望者が多ければ、JISで規格すれば日本車としては効率的なはずですが、JIS規格化していない点からも市場が無いのだと思います。