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パワーウィンドウを作動させる→ガラスを上げ下げさせるモーターが回ろうとするので電力を消費する→発電機に負荷がかかる→発電機を回すエンジンにも負荷が掛かりアイドリング回転数が落ちる

というような流れだと思いますが、
ご心配の点は「負荷」の部分に関わることだ思います。
ただアイドリング時なら新車で起こっても不思議ではないところではありますが．．．

負荷が大きくなるということで、
仮に経年劣化を考えるならモーター自体はもちろん、
ガラスを上げ下げする機構に動作の渋りが起きている場合もあります。
これらはドア内装を外し、内部のメンテナンスか部品交換で改善されます。
それでも慌てて修理しなくてはならない、というようなものでは無いとは思います。