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まず、チップセットと言うのがマザーボードのチップセット(ノースブリッジサウスブリッジ）のことなら無効には出来ません。
ご質問の内容がグラフィック関連ですからノースブリッジをと停止したいということかもしれませんが、ノースブリッジを停止しするとメモリの管理が出来ません。サウスブリッジでも同じでこれを停止したらマザーボードについている機能や接続している機器は殆ど動きません。（簡単に言えばマザーボードの制御チップです。）http://trendy.nikkeibp.co.jp/article/qa/yougo/20050928/113687/
もし停止するとしたらBIOSでオンボードグラフィック（On-Chip VGA）を停止するはずですが、通常オンボードとグラフィックボードは排他的使用なはずでグラボを取り付ければ自動的に切り替わるはずです。
もし確認するのでしたら下記を参考に（BIOSは機種によりかなり違いますあくまで参考まで。）
http://ratan.dyndns.info/1/Drive/gpu2.html
ただし、今映像をグラボから出力できているのでしたら切り替っているということですが.....。

グラボが認識したら「新しいハードウェアーの検索ウィーザード」が始まるはずでこれははキャンセルします。（※あくまでも目安なので、通常はグラフィックカード付属の説明書の指示に従ってください）この後付属のインストールディスクからドライバーやユーティリティーをインストールするという手順が一般的なのですが。
付属のドライバーがだめなら最新のドライバーを当ててみる方法もお試し下さい。
（参考）ドライバーリンク
http://driver.himaism.com/board/video.htm