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私の解かる範囲でお答えさせて頂きます。
スキャナーについて、両者ともCISセンサーとなっています。 センサーにはCISとCCDとがあり、本などをスキャンする際、見開きの部分？ガラス面から浮いた部分はCISでは真っ黒になり読み取れませんがCCDはピントを合わせ読み取ります。

インクについて、EPSON Colorio マルチフォトカラリオ PX-402A は顔料インクのみ、CANON PIXUS MP490は染料インクと黒のみ染料と顔料の二種類です。
顔料インクはにじみが無く普通紙への印刷に向いていますが光沢が無く光沢紙への写真印刷には向いていません。がインクの改良により写真でも出来る限りきれいに印刷できるようにはなっているようです。
染料インクはにじみがあり普通紙への印刷には向いておらず、普通紙へカラー印刷するとにじみが出来てあまりきれいではありません。そのため、キャノンでは黒のみ顔料も搭載し、文章印刷だけはきれいに印刷できるようになっています。 染料インクは発色がいいため光沢紙等の専用紙への写真印刷はきれいに仕上がります。
一長一短がありなかなか難しいですね。

またインクカートリッジについて、エプソンは独立インクなのに対しキャノンは一体型のようです。各色タンクが独立していないと一色だけインクが減ってもまるごと交換しなければならない為、経済的ではありません。

個人的意見ですがインクは写真印刷メインでないのなら顔料インクがいいと思います。 染料だと年賀状などでも専用の光沢紙じゃないとにじみますのでコストが掛かります。 普通紙に染料で印刷すると一滴でも水滴が落ちたらにじんでしまいます。
顔料なら気にしなくていいですし、写真印刷って意外としないものです。
いかがでしょうかー。