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マイクロSDに保存するのが普通かどうかは意見が別れますが、流れを確認してください。

１．９０００で撮影した写真はｘDピクチャカードあるいはアダプタを使用してマイクロSDに記録します。
２．貴方はマイクロSDに記録されました。その内容を整理したいと思っていました。
３．だからマイクロSDの内容をUSBメモリにコピーしました。
４．マイクロSDの内容を削除しました（PCで？ デジカメで？）
５．USBの内容をPCにコピーしました。
６．USBケーブルでPCと９０００を接続し、PC上の写真をマイクロSDにエクスプローラーでコピーした。
７．９０００で再生しようとしたら写真が無いと言っている。

さて、４．はデジカメで行ってください。
６．ではマイクロSD（実際には９０００として認識されています）のどのフォルダに格納しましたか？ オリンパスに所定のフォルダに格納しましたか？

対策可能かどうか不明だけど
１．９０００で一枚撮影する。
２．USBでPCと接続して９０００のフォルダを確認する。DCIMというフォルダがあり、その下にオリンパスのフォルダがあり、そこに写真が記録されている。
３．そこに現在の写真に追加するように写真ファイルをコピーしてみる。

これでダメなら、これからは、
１．USBでPCと９０００を接続する
２．９０００の写真をPCに取り込む
３．９０００の写真を一枚一枚削除する（一気でもいいけど）

最大の疑問：何の目的で整理をするのでしょうか？ もしかしたら９０００を写真保存と再生装置と考えておられますか？ 再生装置ではないので、再生できなくても諦めるしかありません。

メモリカードの内容は突然アクセスできなくなる可能性がありますので、これ以外の保存先を確保してください。