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スピーカーに表示されている「インピーダンス６Ω」というのは、バイワイヤリングをしても、シングルワイヤリングをしても同じです。

そもそも、バイワイヤリングとシングルワイヤリングの違いというのは、「スピーカーの高音側の端子と低音側の端子を、スピーカー側で結ぶか、アンプの側で結ぶか」の差でしかありません。
シングルワイヤリングとバイワイヤリングは、電気屋的には同じことになります。
「逆起電力」というものを意識するオーディオマニアにとっては、シングルワイヤリングとバイワイヤリングは別なものですが。

プリメインアンプは、スピーカー端子がＡとＢの二組あることが多いですが、この二組のスピーカー端子は「並列」になっているのが普通です。

質問文を読む限り、プリメインアンプ デノンpma-390Ⅳに、スピーカーのデノンsc-e535を「1組（2本）」接続するようですので、アンプの駆動力は問題ありません。

バイワイヤリング接続をする時に、スピーカー端子Ａに、高音用と低音用のスピーカーケーブルを両方繋いでも、スピーカー端子Ａに高音用・スピーカー端子Ｂに低音用を繋いでも、アンプから見ると同じです。気にしないで下さい。

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本当に気にしないといけないのは、「2組（４台）のスピーカーを、１つのプリメインアンプにつないで、同時に鳴らす」場合です。
普通そういうことはしませんが、やりたければ可能です。

スピーカー端子ＡにスピーカーＸ（表示インピーダンス６Ω）をつなぎ、スピーカー端子ＢにスピーカーＹ（表示インピーダンス６Ω）をつないで、Ａ＋Ｂで同時に鳴らすのは、アンプに定格以上の負荷をかけることになるので、お勧めできない、となります。

特に、お手元のプリメインアンプのPMA-390IVは定価39,800円の、オーディオ用としてはローエンドのプリメインアンプで、強力な電源部を持っている訳ではないので、あまり無理をさせない方がいいですよ。

ご質問を読むと、そういう無理な使い方をお考えではないようですので安心ですが。