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結論から言えば可能です。
以下の２通りが考えられます。

１点目
Dropboxなどのクラウドサービスを利用する。
http://web-tan.forum.impressrd.jp/e/2008/11/13/4371
非常に便利なサービスですが、iPod touchが無線LAN環境下にあることが必須となります。
外出先で無線LAN接続をするにはモバイルルーターなどが必要になり、月額4～5千円かかります。
≪質問回答≫
1.データ容量はDropboxなどのサービス側に依存します。
Dropboxの初期は2GBです。
2.フォルダ分けは可能です。
3.ファイル名の検索は可能ですが、ドキュメント内の検索はできません。
4.ユーザーとパスワードによるセキュリティー機能があります。
5.できません。

2点目
GoodReaderなどを利用し、iPod touchないにドキュメントを保存する。
以下の手順でPC→iPod touchに保存できます。
WiFi転送（無線LAN環境必須）
http://chibimame.sakura.ne.jp/2010/01/goodreader_wi-fi.html
USB転送
http://d.hatena.ne.jp/Kiphonen/20100716/p1

GoodReaderのアプリ代450円がかかります。
ほかにも似たようなアプリはあると思いますが、それはご自身で探してください。
この手のアプリではGoodReaderが一番人気ですね。

≪質問回答≫
1.iPod touchの容量分、ドキュメントの保存が可能です。
2.フォルダ訳は可能です。
3.ファイル名の検索は可能ですが、ドキュメント内の検索はできません。
4.パスワードによるセキュリティー機能があります。
5.できません。

最後に気になっている点を書いておきます。
どのようなデータをiPod touchに入れようとしているのか分かりませんが、ExcelやWordなどは完全互換ではありません。
多少のズレや不具合があります。
これらを解決するにはPDF化してからデータを転送することになります。
また、見るだけですよね？
編集をするとなると、別のアプリが必要になります。
ただ、非常に使い勝手は悪いため、閲覧のみとしての使用方法をお勧めします。