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【全体レイアウト】
<div align="center" style="text-align:center;"><nopc><font size="1"></nopc>#novel#<nopc></font></nopc></div>

【表紙画面レイアウト】
<div style="width:350px;text-align:left;<pc>border:solid 1px #888888;padding:10 20px;margin:10px 0px;</pc>font-size:10pt;">

#sozai1149_w#
<div align="center" style="text-align:center;">#リンク#</div>
↑old ↓new
( <a href="#dream_url#">name</a> )
#list#
<a href="http://nanos.jp/longlonglong/">←</a>
<div align="right" style="text-align:right;">#novel6_リンク#</div></div>

【文章画面レイアウト】
<div style="width:<pc>550px</pc><nopc>100%</nopc>;text-align:left;<pc>border:solid 1px #888888;padding:10px 20px;margin:10px 0px;</pc>font-size:10pt;">
#title#<br /><hr color="#DDDDDD" size="1" /><font size="2">#text#</font><br /><br /><div align="center" style="text-align:center;"><font color="#DDDDDD"> #pageNum#/#pageCount# </font></div></div>

【HEAD内】
<pc><style type="text/css">
<!--
body{padding-top:20;padding-left:20;padding-right:20;}
textarea,select,input{background-color:#ffffff; color:#777777; font-size:x-small;border:solid 1px #cccccc;}
-->
</style></pc>


これだと、どうでしょうか？（相変わらず携帯で確認できないので探り探りで申し訳ありません）
他の方が回答されているように、テーブルはあまり使わない方がいいかと思います。（前回指摘しておけば良かったですね。すみません）
なので一応、テーブルを使わない形にタグを書き換えています。
小説の本文に記述している<center><table～><font～>などは、頑張って全て削除なさってください。
上記のようにレイアウト指定すれば、本文中には本文のみ書いて行く形で、レイアウトが反映されると思います。

携帯の場合、端から端まで表示させたいと言う事ですので、文章を囲む枠線は表示しない形のタグにしてあります。
携帯でも枠線が必要な場合は、補足して頂ければ書き直したものを回答させて頂きます。
また、目次画面レイアウトに関しては、ご希望のレイアウトが分からないので回答を控えさせて頂きました。
ところで、表紙画面レイアウトの「#リンク#」は、貼り付け用独自タグの前半部分が抜けているだけでしょうか？

更に、所々で必要性が分からなかった<center>タグも、削除させて頂いています。
希望の形と異なる場合は、その点についての具体的な補足をお願いします（>_<）