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＞デュアルチャンネルは同じメーカーの同じ容量のメモリじゃないとできないんですか？

容量とメモリのアクセス速度に関しては、必ず合わせる必要があります。
容量が違う場合は、シングルチャネルとして、速度が異なる場合は、遅い方に設定されます。
メーカーに関しては、メーカーごとの個体差で動かない事がままあるので、合わせるのが基本です。
可能なら、ペアにするメモリの製造ロットも合わせた方が良いです。
そのため、最初から2枚で1セットになっている商品もあります。

合わせる必要があるのは、あくまで1つのペアに関してです。
例えば、メモリスロットが4本ある場合なんかは、2つのペアができるわけですが、これを、512MBが2本と1GBが2本で、合計3GBという組み合わせにするのは構いません。

＞PCI×１や4がないと言われました。USB3.0増設とかできないんでしょうか？

マザーボードの仕様が分からない以上、答えようがありませんが、メーカー側が、拡張スロットが無いと回答しているのなら、無理としか言いようがありません。
物理的に無いものは、どうにもなりませんから。
というか、注文されたPCは、拡張性重視というより、どちらかというとスペース効率重視の製品のような気がしますが･･･。

またPCI Expressに関しては、x4とかx8が装着されているマザーボードは殆どありません。
殆どの用途ではx1で十分であり、際限なく速度を追求しているグラフィック用ではx16が事実上の標準なので、x4やx8は中途半端だからです。
なお、USB3.0の拡張ボードは、実際に製品化されたものは、PCI Express x1接続です。

＞ビデオカード512MBより256の方が性能が良い？高かったりするじゃないですか？
グラフィックIC(いわゆるGPU)自体の性能が異なるからです。
メモリは、ちょっとやそっと増やしても、殆ど性能や価格に影響しませんが、GPUの処理能力の差はどうにもなりません。
だから価格の差となって現れます。

＞軽いオンラインゲームを楽しむぐらいなので512MBで3000円ぐらいのビデオカードないでしょうか？
オンラインゲームで遊ぶなら、最低でも1～2万円クラスでしょう。
3000円クラスのいわゆるローエンドクラスの製品は、とりあえず画面に絵が出るだけというレベルで、ゲームには向きません。

もちろん、動作が遅くてもよいなら別です。
その場合は、GPUの世代が新しくて、まあまあメモリが多くて、そこそこ値段が安いものを選ぶだけです。
現在は、GPUは、ATIとNVIDIAの事実上2社の競合なので、どちらか好みのGPUが載っている製品を選べばよいでしょう。

＞IDEが1つあるらしいですが、電源は同じなんでしょうか？（シリアルATAⅡ）と同じでしょうか？
SATAとIDEは、電源端子の形が全く異なります。
ただし、最近のATX電源には、どっちの端子も元から付いているし、足りない場合は、電源コネクタの変換ケーブルも市販されているので、それを使えば問題ありません。