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2つのマザボの違いですが、同じP55チップセットを採用しています。
確かにPCIスロットだけみれば1スロット数が多いMSIの方が有利ですが…
性能を比較するとASUSの方が高性能です。

まずMSIは「USBが2.0」「SATAが3Gb/s」の旧規格。
それに対しASUSは「USBが3.0」「SATAが6Gb/s」と新規格に対応しています。
Intelの次期チップセット6シリーズは新規格に対応予定ですが、5シリーズはモデルによって仕様が違います。
MSIもP7P55D-E EVOの価格帯モデルなら新規格に対応していますが、いかんせんP55-SD50（P55-CD53）は下位モデル。
P7P55D-E EVOが実売18000円なのに対し、P55-CD53は10000円以下で売られている商品なので比較するのが野暮かもしれませんね。。
ただSSDをX-25Mにするなら、このSSDは3Gb/s規格なので速度に違いはないはずです。
補足にあるストライピング性能でも大差はないと思われます。
将来性を考慮するならUSB3.0に対応するP7P55D-E EVOを選んでおいた方がいいかもしれません。

ちなみに現在6Gb/sに対応している定評の良いSSDはcrucialのシリーズのみです。
このSSDなら6Gb/sの能力を発揮できるはずなので、以下のサイトを参考にしてみてください。
（RAID0のベンチデータ有り）
http://review.kakaku.com/review/K0000123893/

テレビチューナー：PIX-DT230-PE0の増設は特に問題ないでしょう。
スロットがPCI Express ×1。
またWin7の32/64ビットに対応しています。

＞SSDのストライピング構造で下記の注意事項が書かれていたのですが
これはRAID使用時の注意項目ではないと思いますが。。
おそらくイメージディスクなど、HDDやDVD以外の読み込みを想定したものだと思いますよ。

＞FF14は問題なくプレーできますか？
一応ストレスなくプレイ可能だと思います。
まずGPU―
HD5870を選択したのは正解だと思います。
GTX480は高性能ですが、高発熱・高TDPともにお勧めしません。
HD6870は新型ですが、HD5870の廉価版で性能は劣る―いうのがもっぱらの噂です。
CPU・メモリともに問題ないでしょう。

＞SSDのストライピングにした際に単体時と比べて安定性が～
IntelのX-25Mに関してはそのような噂は聞きませんね。
ただ…もう少し待てばX-25Mの新モデルが発売されます。
同価格帯で容量が倍になるらしいので、それまで待てるならそちらが出てからでもいいかもしれません。
RAID0を組むのはベンチマークにこだわる人・性能に妥協をしたくない人―向けだと個人的に思います。
私はRealSSDのC300を単体で使ってますが、単体でも充分に速いぐらいです。