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HDDであれば、データ復旧できる可能性は高いですが、フラッシュメモリーの場合は、不揮発データの為、故障時に復旧できない可能性は十分考えられます。もう、すでに事態は起きた後なので、できることからやってみましょう。

まず、紙媒体からのスキャンですが、お使いの複合機では、カラーでのスキャンの場合は、最高で600dpiでのスキャンが可能です。sキャン時にスキャン画質で600dpiに変更してください。
それから、文章＋カラー写真入りの資料ということなので、文章としてスキャンしたものと、写真を綺麗にスキャンしたものを、スキャン後に合体させた方がいいです。
以下より、お使いの複合機のマニュアルが参照できますので、
・文章としてスキャンしたい場合は、P34の原稿の文字をテキストデータとしてスキャンするをご覧ください。
・写真として綺麗にスキャンしたい場合は、ガラス面を綺麗にピカピカに清掃し、原稿をADFではなく、ガラス面に置いてください。ガラス面の方が精度が高いです。各スキャン手順で、画質を600dpiにして、スキャンしてください。

http://solutions.brother.co.jp/public/doc/manual_index.html?prod=mfc6490cn&type2=5&type3=97

その後、画像編集ソフトや、各種アプリで、文章と写真を合体させてください。
写真については、画像編集ソフトで、コントラストやシャープさを調整したほうがいいかもしれません。
あと、デジカメと複合機のスキャナのドットの大きさが、天と地の差があるので、拡大すると、スキャンした写真の方が粗さが目立つのは仕方がないことです。もし、元の写真データがあるのであれば、文章だけスキャンして、文字の認識間違いをチェックしたうえで、元の写真データと合わせた方がいいかもしれません。文字をテキストデータと認識させる場合、漢字などが、誤認識する可能性が高いので、よくチェックしてください。

それでも、思うように仕上がらない場合は、最初から作り直すしかないと思います。