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ルータの役目は、IPアドレスの割り振りだけですので、通信速度にそれほど影響はありません。（PR-400NE側でやろうが、WR9500N-HP側でやろうがあまり関係ないということ）

たぶんあなたの場合必要なのは、PR-400NEの無線機能を止めることではないかと思います。PR-400NEの無線機能は実は内臓ではなく、無線LANカードが取り付けられているだけなので、その無線LANカードを抜いてしまえば大丈夫です。（取扱説明書の5-2「本商品への無線LANカードの取り付け」参照）抜くときは、取り付ける時同様電源を抜いてから外してください。

その無線カードがあるということは、無線LAN契約をされていると思いますが、今後は必要なくなりますので、無線LAN契約を解約しても大丈夫です。（無線LAN契約というのはこの無線LANカードをレンタルしてもらう契約ですので）その場合、当然その無線LANカードは返却することになります。

【追記】
補足拝見しました。何が何でもPR-400NEのルータを使いたくないというのであれば、PR-400ＮＥの「DHCPサーバー機能」の「使用する」のチェックを外し、「PPPoEブリッジ」の「使用する」にチェックを入れれば、一応無線LAN親機をルータ機能を使って接続するようになるとは思いますが、先にも言ったようにあまり意味ありませんよ。モデムのLAN端子も特別な設定をしないと使えなくなるし…。