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・CPU
Core 2 Duo E8400 は非常にいいCPUなので問題ないですが、ゲームをしなくて
エンコード主体なら、Core 2 Quad も検討して見て下さい。
どういうソフトでエンコードするかによっても変わってきますが、クアッド・コアに対応しているソフトだと、
かなりエンコード時間が短くなります。
http://www11.plala.or.jp/hikaku/pc/parts-d/cpu.html
私もP5K-Eで自作しましたが、TMPGEnc 4.0 XPressを一番よく使うので、
Core 2 Quad Q8300 にしました。今だと、E8400 より 6,000円くらい高いでしょうか。
尚、Q6600 と Q8200 が、ほぼ同じ性能だという結果があります。
http://pc.nikkeibp.co.jp/article/news/20080901/1007619/

Core 2 Duo E8400 には C0ステッピングとE0ステッピングがあります。
どうせ買うなら、E0が良さそうです。
http://www.watch.impress.co.jp/akiba/hotline/20080809/etc_intel.html
http://nueda.main.jp/blog/archives/003713.html

LGA775の他のCPUをお持ちですか？
Core 2 Duo E8400 C0 は BIOS ver.906 以降
Core 2 Duo E8400 E0 は BIOS ver.1102 以降 となっています。
もしBIOSのバージョンが古くて、CPUをE8400しか持っていないとすると、起動できなくて
なんともなりません。
私が買ったのは ver.906で、Q8300 が動くのは Ver.1202ですが、Pen4を持っていたため、
BIOSをバージョンアップすることができました。

・CPUクーラー
私はパッシブダクト＆トップフローが好きで、AMDは使う気がないので、クーラーマスターの
Hyper L3 にしました。小さいし、よく冷えます。
http://review.kakaku.com/review/05123510759/

・P5K-E
今でも手に入りますか？それだけが心配ですが、非常にいいM/Bです。
ただオンボードサウンドはノイズが乗るという話をよく見ますが、そのための SE-90PCI ですか？
幸いにも私が買った P5K-E はノイズは出ていませんし、サウンドにはこだわりがないので
オンボードサウンドでも十分に満足しています。サウンドカードはPCが組み上がった後でも
増設が簡単ですから、オンボードサウンドが気に入らなかったら買う、というのでもいいと思います。

・メモリ
UMAXですね。私も同じメモリを使っています。

・EN9600GT/HTDI/512M/R3
ゲームをしないなら、もっと安いものでも構わないと思いますが、どうせ今から買うなら、
HDCP対応がいいと思いますし、Dual DVI 出力可能で、512MB となると、ASUSでは
これか、EN8600GT SILENT/HTDP/512M が安いですね。
ただ、EN9600GT は長さが 219mm もあるので、ケースは奥行きが十分あるものを選んで下さい。
奥行き 47～48cm くらいのケースだと、HDDの電源コネクタとボードがぎりぎりでしょうか・・・。
自作で一番選ぶのが難しいパーツは、ケースだと思います。できれば実物を定規で測って、
HDDとどのくらいの間隔ができるのか調べてから買うのがいいと思います。

・MODU82+ EMD525AWT
いい電源ですね。私はHDDを4～5個使うので、容量が大きくて値段も安い、
EarthWatts EA-650 です。ケーブルがプラグインじゃないので、使っていないケーブルが邪魔になり
前面吸気→背面排気のエアフローが悪くなります。そのために、CPUクーラーはトップフローで小型な
Hyper L3 にして、側面のパッシブダクトから冷やしています。
プラグイン電源＆大型CPUクーラーという質問者さんの選択もアリだと思います。

・HDD
このシリーズのWesternDigitalは静かで速いと評判がいいですね。
ただ、動画編集という事なら、500GB×2個 にしてはどうでしょう。
WD3200AAKS→WD5000AAKS にしても2個で 2,000円 くらいのアップではないでしょうか。
あと、買うときは、1プラッタの容量が320GBの物にして下さい。
同じAAKSでも新しい物はプラッタ容量が大きくなって高速になっています。
http://www.watch.impress.co.jp/akiba/hotline/20080315/ni_i_hd.html#wd32ksb3a
http://ascii.jp/elem/000/000/120/120940/