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構成として特別おかしな部分とかミスマッチは無いように思えます。

ちなみにメモリを流用されるということなんですが、OSは何を使用するつもりなんでしょうか？
OSによってはメモリを増やす必要性も出てくるんじゃないかと思います。
できれば主に使用する作業内容も教えていただきたいと思います。

--以下追記です。(2009/01/24)--
①HDDについては、先日見逃していましたがBarracuda 7200.11になると思います。
こちらの製品は不具合報告が多数ありますのでできればほかの製品にしてみるほうがいいと思われます。
②それからケースについてですが今の構成で考えるならNine Hundredは少々大きすぎると思われます。
そこまでの大きさになるとかなり拡張を必要とされる場合の選択になってきます。
ドライブが現状の構成で一基ですのでNine Hundredを使用するならコストパフォーマンスを重視してThree Hundredにしておいたほうがいいかなと思いました。
質問者様が「どうしてもNine Hundredがいい」とか「これからどんどんベイを拡張する」ということでしたらその選択がベストだと思います。
③最後にメモリについてなのですが。。。
予算の面から今ご使用中の１GB×2 ＋ 512MB×2を使用する形になるのではないかと思われますが、Vista構成であれば最大は4Gが可能になります。XP構成なら３Gが限界なんですが、DDRというのはDoubleDataRateの略で、基本的には同規格で同じ容量の製品を２枚一組で動かす形が望ましいのでVista構成にするのであれば2G×2または1G×4でXP構成にするのであれば、1G×3がベストではないかと思われます。

上記の①～③をまとめますと、②のケースのNine Hundredが約19,000なのに対し、Three Hundredは約10,000と半額になります、その差額を利用してHDDはHDT721010SLA360あたりがいいんじゃないでしょうか？同価格帯(約8,000)で１TBのHDDを導入することができてしまいますし評価もいい方かと思います。
さらにメモリを新しく購入した際にも今はメモリが安くなっていますので比較的高速なPC2-6400(DDR2-800)規格のメモリを先ほど提示した構成(vista2G×2or1G×4 XP1G×3)で搭載しても現状の構成よりも安く仕上がるはずです＾＾
また、メモリをどうしても今のまま使いたいという場合はケースとHDDのみ変更して差額分をビデオカードのグレードアップにあてるのもありかと思います。最近の３Dゲームはマシンパワーかなり必要ですからねｗ
メモリもビデオカードもというのがベストですが、予算の方もあるとおもいますのでこれくらいでｗ
長々と記入してしまってすいません＾＾；
以上です。ありがとうございました。