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Windowsはドライブを認識しているけれども
ファームウエア更新プログラムがドライブを認識しないという話でしょうか?

その認識画面
"PIONEER BD-RW BDR-206 SCSI CdRom Device"
となってますね。
Windowsから "SCSI CdRom" と認識されているために、ファームウエア更新
プログラムが利用可能なドライブが無いと判断しているものと思われます。

うちはP55チップセットのSATAにBDR-203を接続していますが、Windowsからは
"PIONEER BD-RW BDR-203 ATA Device"
と認識されます。

SATAのドライバによっては接続をSCSI扱いするものがあり、そういう環境だと
ファームウエア更新プログラムが対象ドライブを見つけられません。

例えばPIONEERのページでは "Intel Ultra ATA StrageDriver" は
アンインストールしろと書かれているわけですが、その辺りは確認済でしょうか?
http://pioneer.jp/device/win_download.html

追記
まず訂正。
アンインストールするのは「Intel Application Accelerator」の場合で
「Intel Ultra ATA StrageDriver」はこちらの手順でしたね。
http://pioneer.jp/device/ultra.html

> 「marvell 91xx driver」
6Gbps SATA ドライバですね。
http://www.asus.co.jp/Motherboards/Intel_Socket_2011/P9X79_DELUXE/
白の SATA ポートが 6Gbps で、水色の SATA ポートが 3Gbps ですが、
Intel X79 の SATA は2ポートだけが 6Gbps で残りは 3Gbps、
白の SATA ポート4つのうちどっちが Intel で、どっちが Marvell なのか……。
まぁ BDR に 6Gbps は不要でしょうから、水色に挿せば確実に Intel ですね。
おそらくこのドライバはアンインストールしてはいけません。

> 「Intel(R)Rapid Storage Technology enterprise」
で、先の水色の SATA ポートに挿した場合は、この Intel のドライバで
動くことになります。
「Intel Application Accelerator」や「Intel Ultra ATA StrageDriver」の
後継の新しいドライバのようですが、Pioneer の説明が新しいドライバに
追従してないのでしょう。
このドライバはアンインストールして……、動くかなぁ、どうかなぁ……。
最初から OS を入れたドライブが Marvell 側に接続されていれば
Intel ドライバは後からインストール/アンインストールしても大丈夫だと
思うんだけど……。
質問タイトルを「Intel Rapid Storage Technology ドライバ」にして
質問し直した方が知ってる人の目に留まるかと。