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最近のパソコンは、USB機器のレガシーモードでの動作をサポートしているものが多いため、このようなことが発生します。

と言うと難しいのですが、パソコンは電源オンですぐにWindowsが動くのではなく、電源オンして各部を起動させて（メーカーのロゴが出たり、黒バックで白文字の英語が出たりする画面です）、それからWindowsが起動するようになっていますね。

本来、USB機器はWindowsが動き出してからでないと使用できないのですが、そのWindowsが動き出すまでの間でもUSB機器が動かせるように、最近のパソコンはつくられています。
Windowsが動作し始める前からUSB機器が使えるようにする仕組みがパソコン側にあるが故、用もないのにUSBハードディスクを「どんな機器が繋がっていて、データは入っているのか？」とチェックしに行ってしまっているのです。

だから起動が遅くなる、と。

解決策は、一般的には起動時にHDDを外しておくか、電源を切っておくかしかありません。