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どう使えばHDDの記憶領域の断片化を防げるのかという問題のようですね。

断片化とはディスク上のデータが分散してあちこちに点在してしまうことですが、これが進むことによりディスクヘッドがより多く動かなければならなくなるので、データへのアクセスが遅くなる、システムへの負荷がかかり不安定になりやすい、ディスクの寿命を縮めやすい（＝劣化が早まりやすい）といったデメリットが生じます。

ではどのような使い方をすればこの断片化をなるべく防ぐことが出来るのかについてですが、
１． 常にHDD容量に２０％程度の空きのある状態で使用すること
２． 録画番組をまとめて消す
ことくらいですかね。
２については質問主さんの書かれていることですが、１と比べると重要度ははるかに低いものと思えます。ですから、まとめて消すのは構いませんがHDD容量がいっぱいに近い状態になってからまとめて消すことだけは避けた方がよいと言えるでしょうね。

ちなみにfrost1477さんは使用容量が多いと起動に負担がかかり故障しやすくなるとのことですが・・・。自分はこのような意見を初めて見るのですが、レコーダーは起動時にHDDの全てのデータを読み込むわけじゃなく、単に録画番組のインデックスデータ等を読み込むだけのはずです。たしかに使用容量が多い（＝録画番組が多い）ほど読み込むインデックスデータは増えるでしょうが、データの量としてはそれほど大きいものではないのでかかる負担の差など微小なものではないかと思えます。ま、起動時間はいくらか差がでますけどね、単にそれだけの問題ではないかと思います。
それよりも１と２のことにより断片化を防ぐ使い方をした方がはるかに有効だと思えます。frost1477さんがどのような裏付けを持ってそのように言い切られているのかが疑問ですね・・・。

と言っても、レコーダーの場合は１つのファイル容量が大きいためPCと比べると断片化ははるかに少ないと言われています。それに加え、最近はHDDの信頼性・耐久性もかなり向上していますので、まぁそんなに神経質になる必要はないように思えますし、特に２についてはどっちかと言うとやった方がよいかな程度のことではないかと思います。

ただ、東芝のレコーダーに関してだけは他メーカーとチャプター消去のやり方が違うためプレイリストで編集しないと非常に断片化がおこりやすいと言われています。もし東芝製のレコーダーをお使いであればオリジナルファイルのチャプター消去だけは避けた方がよいでしょうね。