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たまたま1回そうなったというだけではなく、頻繁にそれが起きているということでしょうか？

原因としては無意識の誤削除などから、ウィルス障害、チェックディスクによる回収なども考えられますし、何らかの誤動作やエラーによりファイルフォーマットが部分的に破損したとかもありえます。

それが頻繁に起きているということで、原因が誤削除やウィルス以外だとするなら、HDD自体に何らかの障害が起きている可能性も高いですから、フォーマットして再利用というよりは、買い替えをお勧めします。
1回だけということなら、できれば買い替えですが、まぁフォーマットしてした上で恐る恐る再利用でしょうか。
その場合、フォーマットはクイックではなくフルのフォーマットを行いましょう。

リスクとコストの問題なので、いきなりなくなってもそう困らない程度のデータとか、それなりに大事なデータだけども買い替えするほどのものでもないということなら、気にせずそのまま使ってもよいでしょう。