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＞XPでなく、WINDOWS7でフォーマットすることによって、何かメリット・デメリットはあるのか？
XPと7とじゃフォーマットの仕方が違ってくるので、7でフォーマットすればAlign Utilityなど使う必要もない。

＞Align Utilityを導入するのは XPの二台で行う必要があるのか？
XPの2台でWD20EARSを1台づつ使うのであれば、フォーマット後使用する必要有り。
じゃないと低速病などの症状がでるかもしれない。

＞Align Utilityを使用してもWINDOWS7で接続した時に不具合はないか？
7でWD20EARSをフォーマットした場合はAlign Utilityを使う必要なはい。
XPでフォーマットしてAlign Utility使ってアライメントしたら、7でも使えるらしい（7持ってないので・・・）
ただ条件として、ジャンパピンは使わないってのがあります。

XPでWD20EARSを2台データドライブ用に増設して、フォーマット後Align Utilityでアライメントとって使っているが、今の所、不具合は出てない。
低速病もでていないです。

外付けで利用するなら、Win7でフォーマットした方がいいかと思います。
ジャンパピンは使わないで。
クイックフォーマットじゃなくて、時間かかっても通常フォーマットをオススメします。