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もう少し情報を詳しく。せめてＯＳの種類は書きましょう。自作ということなので、ＷｉｎｄｏｗｓのＸＰかＶｉｓｔａだとは思うのですが・・

さて。まず確認ですが、封を切ったばかりのＨＤＤをつないで、単純に入れ替えてませんか？
言い換えると、ＨＤＤのフォーマットは済ませてありますか？ということです。
ＨＤＤを使うためには、まずフォーマットが必要です。
（ファイルシステムはＦＡＴ、あるいはＮＴＦＳを選択。ＸＰあるいはＶＩＳＴＡなら、ＮＴＦＳでいいでしょう）

ＨＤＤのフォーマットの手順ですが、ＯＳがわからないので、ＸＰを前提にします。
（Ｖｉｓｔａでもクラシック表示で同じメニューはでるはず）

まず（入れ替えではなく）現在の状態に、ＨＤＤを追加してみてください。
その上で、ＯＳを立ち上げ、スタートメニュー＞コントロールパネル＞管理ツール＞コンピュータの管理
管理画面が出たら、左側のアイコンの記憶域＞ディスクの管理
これで、下に追加したＨＤＤが見えていたら、その「ディスク」を右クリックし、フォーマットを選んでください。
フォーマットが終了したら、ＯＳを終了させ、フォーマットしたＨＤＤと古いＨＤＤを入れ替えれば、問題ないと思います。