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寿命が近いかも知れませんね。
http://crystalmark.info/

CrystalDiskInfoをダウンロードしてHDDの状況を調べてみては？
あと五月蝿いとかいうなら高速モデルを買わない事、HDD静音用のケースなどを利用するなど手はあるんだし、SSDを導入すれば音はしなくなる。
ある程度は読み込むときに音はする。物理的に駆動しているものだからある程度は仕方がない。
もっとカツンカツンとひっかかりがあるような音がしてきたらHDDが死に掛けてる可能性は高い。
どうしても気になるなら購入直後なら交換してもらうとか。
HDDの寿命は温度などの使用環境や状況に大きく左右されるものです。特にどことはいいませんが韓国メーカーのHDDは購入数日で死亡した経験があります。

とりあえず一番上の方に貼ったアドレスのところにあるソフトでHDD内の不良セクタなどの情報が見れるので故障しそうかそうでないかは一応目安にしてください。バックアップ用にHDDをもう一個買ってきたほうが良さそうですね。
流石に圧縮してもよほど圧縮率がいいデータじゃない限り500GBに収まるとは思えませんし。

HDDを修理に出すと新品が送られてきて壊れているHDDは物理的に潰して溶かして読み込めないように廃棄するそうです。
WDを出したことはないですがSeagateは2～３日で新品が送られてきました。
タイの洪水の影響でまだHDDが高いのであれですが、バックアップ用に１つHDDを買ってきてバックアップを取るのがいいかな。
7200回転のものではなく、SSDを併用しているなら容量は分かりませんが5400回転とかのが静かですよ。少し遅くなりますけど。高速で読み出したいファイルはSSDに移動してとなりますね。
あと静寂性を気にされるのなら、ハードディスク用の静音化ケース（内臓する物です）などを利用すると静かになります。但し温度には注意が必要。
まあ もっと昔のHDDはその音より全然五月蝿かったですけどね。
でも気になるなら後悔する前に即行動を起こすことをお勧めします。