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Q1 ゲームなどその他いろいろ入れたいと思っているなら、128GBじゃ少ないと思う
128GBSSDの実際に使える容量は119GBです。
そこに、OS、ドライバ各種入れれば平気で40GBは使います。
BF4などのゲームは容量がデカイですから、アプデ分も含めると20GBくらいは使うだろう。
これでもう半分です。 SSDは書き込みが遅いというデメリットを持っていますから、空き領域が狭くなればなるほど、書き込むが遅くなってしまいます。 SSD用のデフラグをしないと、低速になってしまいますね。
あれこれ入れたいのであれば、240GBにするか、故障率は高まるがより高速化できる120GB×2のRAID0とかね。

まあある程度対策すれば、空き容量は増やせますけどね
参考 http://shopdd.jp/blog-entry-1045.html

Q2 むしろ、そのようなソフトこそSSDに入れるべき。 起動が早くなり、作業効率化できる
考え方は、「なんのソフトを読み込みを早くする必要があるか」です。
写真や動画とかは別にHDDでも十分な速度があるはずです。常に見るわけじゃないでしょうし。
よくつかうデーターはSSDに入れる。これが基本
スタートアップとかもね。

HDDの場合は、複数台のHDDで負荷を分散してやればいい。
Cドライブ以外にインストールする場合は、任意でフォルダを作って管理することになるが、フォルダ名は半角英数を使うこと。特殊な文字や2バイト文字は避けた方がいい

BFでSSDの速度を発揮できるのは、ゲームの起動やMAPの読み込みの時くらい

Q3バックアップ。これに尽きる。
SSDにかかわらず、HDDも消耗品です。 大切なデーターを扱うならバックアップは必須
ゲームなんて、再インストールすればいくらでもインストールできますよね？
OSもインストールディスクさえあれば、1からインストール可能です。
写真とか「消えてしまって困るもの」をバックアップすればいい

フラッシュメモリには皆書き込みに限界がある。
HDDと違い、前兆もなく急に壊れるのがSSDだと思えばいい。
寿命も、全体的に見るとHDDよりは短め。

バックアップ先はなんでもいい。 外付けHDDでもDVDでもBDでもお好きなモノを。
ただし、バックアップしたものをなくしちゃたり壊れちゃったら意味ないですよね。
考え方はいたってシンプルです。

データーの管理はパソコンを扱う上で基本ですね。
まあ私は面倒臭がってしまってちゃんとできてないところがあるのですが・・・
部屋の掃除と一緒でね＾＾；ってな感じで今日OS再インストールしたわけです。
すでにあるのを整理するより、まっさらにしてから必要なものを揃えるほうが楽だから。 インストーラーとか全部とってありますしね。うちのPCもSSDにしたいけどSATA2っす。

WDのグリーンはどういうHDDか調べましたか？

OCをする構成？
なら冷却クーラーやケースはこだわったほうがいいでしょうね。
殻割りすればさらに上を目指せるがリスクも大きい。

補足
それでOK。
あとは具体的にどう整理するかは、ユーザーそれぞれです。
SSDに入れる必要がないなら、HDDに入れればいいし、SSDに入れたほうが快適だと思うなら、SSDに入れればいいことです。 もちろん空き容量と相談しながらね。

HDDについて
グリーンはWD3シリーズの中でコスト重視のHDD
信頼性は劣るものの、安価なHDDです
他にも省電力、低発熱だったかな。

バックアップや大事なデーターを入れたいなら、ブルー以上のものを選ぶといいのでは
他のメーカーのHDDとの違いも調べるとよいでしょう
WDは静かってイメージがあるねぇ

HDDにも回転数やプラッタの容量、キャッシュ容量などスペックがありますから、そのあたりも考えてくださいね
PCケースと電源が抜けてますが、決まっているんでしょうか。