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このサイズが、デスクトップPCの標準です。
自作される方は、もう少し大きいものを選択される方もいます。
今後も当分の間は変わることはないと思います。

おっしゃるとおり小型のものは拡張性が少ないです。

大型のものはHDDやDVD・BDドライブ、拡張用のスロットなどを備え、
いろいろな増設が可能となっているはずです。
（これは、ケースによるものではなく、マザーボードの影響が大ですが）

増設用の機器がサイズが変わっていないので
（拡張用カードには「ロープロファイル」という省スペース用のものもありますが）

というか、ブルーレイ・ディスクのサイズが今までのCD・DVDと同じなので
ドライブを横に配置して、その奥にマザーボードの配置をすると

ケースの横幅と奥行きはおのずと決まってしまいます。
高さのみが拡張性に影響するサイズであると考えられます。

また、同じスペックのマシンを比較した場合
大型のものは大型の冷却ファンが取付け可能であることから
熱対策としての性能面でも良いと思います。

また技術革新により、CPUなどは小型化が可能ですが
ＣＰＵのCOREを２個→４個→６個などと複数化し高性能を追求することの方に
技術を使っていると思います。

ATOMなどのCPUを用いたPCでは、両手のひらサイズのデスクトップPCがあります。

設置場所と性能とを比較して、サイズを選択できるようになってきてはいると思います。