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もしMicrosoft Office IME 2007でしたら、今回の件とは別に、まず2010にされることをお勧めします。
http://www.microsoft.com/japan/office/2010/ime/default.mspx
変換速度は格段にアップしており、私もATOKに戻すのを忘れるぐらいです。
変換精度・学習機能などに改善の跡が見られます。

本題です。
IE 9 にしてからこのことが起こるようになったという場合、IE 9 をアンインストールするだけで解決することがあります。
ただIE6のころはそれほどよくあることではなかったのですが、IE7、IE8、そしてIE9でますます頻繁に起こっているようです。
ですからIE8に戻しておけばそれでOKとも言い切れない面があります。
一方IE9のままこのトラブルを回避する道はあるものの、対症療法的なもので、根本的な解決とは言えません。
どちらを採るかは、質問者さんの考えで決めてください。

【対処策 １】
IE9をアンインストールする。
http://windows.microsoft.com/ja-JP/internet-explorer/help/ie-9/how-do-i-install-or-uninstall-internet-explorer-9

【対処策 ２】
IE9のままで、「詳細なテキスト サービスを使用しない」設定にする。
(効果がなければ、簡単にもとに戻せます。)
操作手順
* 以下、便宜上2010としてありますが、仮に2007でも同様です。
言語バーツールアイコン(工具箱)をクリック＞プロパティ
↓
【Microsoft Office IME 2010のプロパティ】
その他タブ
詳細なテキストサービスボタン
↓
【詳細なテキスト サービスの設定】
「詳細なテキスト サービスを使用しない」を選択
OKボタン
↓
【互換性】
《互換性の設定が変更されました。……
コンピューターを再起動し、設定を有効にしますか？》
はいボタンをクリック
再起動され、Microsoft IME 2000互換のツールバーが表示されます。
これで、しばらく使ってみてください。
* IMEツールバーをタスクバーに格納したい場合は、
IMEツールバーの任意のアイコン上で右クリック＞「タスクバーに入れる」
ただし2010の言語バーからは離れて、時刻表示の左のタスクトレイに入ります。
アイコン右クリックで、「プロパティ」「IMEパッド」などのメニューのほか、「ツールバーを表示」も選べます。
(画像下段参照)

効果がなく、もとに戻したい場合は、
IMEツールバーのツールアイコンをクリック＞プロパティ
↓
【Microsoft Office IME 2010のプロパティ】
その他タブ
詳細なテキストサービスボタン
↓
【詳細なテキスト サービスの設定】
「詳細なテキスト サービスを使用する」を選択
OKボタン
↓
【互換性】
《互換性の設定が変更されました。……
コンピューターを再起動し、設定を有効にしますか？》
はいボタンをクリック
再起動され、元通りの言語バーが表示されます。

↓IE9はそのままで解決されています。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1168120866
ただし、この回答では2000互換ツールバーをタスクバーに入れることは薦めなかったのですが、後で調べてみて、使い勝手が悪いわけではないと思ったので、今回はその部分を変更しました。