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① 「GTX650」だとCPUにもよりますが簡易設定3は快適な動作が可能だと思います。

② GPU性能によってはi5では力不足になる事もありますが、質問者さんが理想とされてる高スペックに記載されてるGPU（GTX660）大丈夫だと思います。

③ 作られた世代（第3世代や第4世代などと言われるもの）によって違いがあるので、同じ世代であれば（Xeonは除く）交換は可能な事が多いです。

④ 秋葉原が遠いので、私には申し訳ないですが回答出来ません。

SSDは予算があれば付ける程度でいいと思います。
SSDで読み込み速度を上げても処理するほう（CPUやGPU）が処理出来なければ、あまり効果がありません。
１箇所だけ高性能（CPUだけやGPUだけやSSDだけなど）では無意味なので、全体のバランスが重要だと思います。
例えばCPUだけが高性能でGPUが低性能だとグラフィック処理が足りずにロード時間が長い事もありますし、逆にCPUが低性能でGPUが高性能だとCPUがGPUの性能に負けてしまってGPUが宝の持ち腐れとなる事もあります。

CPUやGPUも大事ですが、電源も重要です。
電源は多少無理しても「80+」の製品を使うほうがいいと思います。
電源が壊れる時に他のパーツも巻き込んで壊れる可能性があるからです。
SSDを付ける予算があるなら電源をいい物にして少し余裕のある電源容量にするほうがいいと思います。

それと「GTX640」と記載してますが「GT640」ですよ。
「GT」と「GTX」の大雑把な違いはゲームを目的として作られてるか作られてないかの違いです。
「GT」シリーズは前の製品のマイナーチェンジ（名称だけの変更の場合もあります）が多いです
「GT640」は中スペックGPUではなく低スペックGPUの部類になると思います。