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ウィルスセキュリティソフトでも検知できないタイプのウィルスなんて山ほどあります。
また一旦ウィルスに感染してしまうとウィルスセキュリティソフト自体が無効化されてしまうものもあります。

USBブートの話はUSBメモリなどをつないでませんか？または外付けのHDDとか。そういった物がつないであるとブートドライブとしても認識できるので優先順位がHDDよりも上位に来ているとそういったメッセージが出る事があります。
ブート可能なDVD-ROMなどを光学ディスクドライブに入れて置くのと同じ。

次の自分の起動したソフトのはずのものが、というのはウィルスかシステムファイルやショートカットの内容などが書換えられた恐れがあります。これは十分ウィルスやハッキングの恐れがあります。ウィルスやハッキングといってもどんどん新しい物がでているので正直つかみどころがありません。実際ウィルスを手に入れて、クローズネットワークで試して見ると大体どんな挙動を示すんだなってのがわかると思いますが、今は大量にウィルスなどを個人が所有したりすると捕まっちゃうらしいので、そんな事はできないんですが、自分から呼び込んだ物に関してはウィルスセキュリティソフトは意味をなさないことは多いです。（但し、インストールの時などに警告はされますがそれを無視したりした場合は手遅れです。）

とりあえず、必要なデータのバックアップをとりましょう。（ソフトウェアや実行ファイル形式の物は諦めてください。データのみバックアップを）
工場出荷時の状態に戻します。リカバリという作業になりますが、ウィルスがリカバリ領域まで書き換えていたのだったらメーカーに持ち込むかリカバリ用のディスクを購入するかと言う話になると思います。
まあ とりあえずリカバリしてみましょう。その時は必ずネットからは隔離した状態で行う事。
リカバリしてウィルスセキュリティソフトをインストールしてからネットに繋いで、全てのセキュリティパッチやウィルスセキュリティソフトのパッチなどを当ててください。
それが終わったらノートンを使ってるならNPEなどをダウンロードしてきてください。ノートンパワーイレーサーの略です。シマンテックのHPからダウンロード可能です。
NPEは正常なファイルもよく誤爆して消してくれますが、ノートンとかでも消せないウィルスなどの削除用のソフトです。
他にもオンラインスキャンや常駐タイプではないウィルススキャンソフトなどを数種類使って、全領域にウィルスなどがないか、バックアップしたデータがウィルスに感染していなかなどを調べましょう。
また 自分の症状と同じような症状がないかウィルスのデータベースなどを調べてみましょう。シマンテックやトレンドマイクロなどウィルスセキュリティ会社のHPには大抵ありますので。

これらをやっても直らない場合はメーカーやウィルスだと思うならウィルスセキュリティソフトメーカーに問合せてみましょう。

アドバイスできるのはこの辺ですが、自分でウィルスを引き込んだ心あたりや怪しいHPなどにアクセスした心あたりがあるのなら今後はそういった事をしないようにしてください。あと常に大事なデータはバックアップをかける事。