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データ使用の警告はAndroidOS上の警告です。
つまり端末上で計測した通信量での判別です。（ドコモからの警告ではありません。）

本体設定→データ使用で表示されるグラフにおいて設定された通信量に達すると警告が出ます。
設定はグラフ上のオレンジのバーを上下に移動します。
（警告出したくなければ、1ヶ月の通信量より上に設定）
「モバイルデータの制限を設定する」にチェックをすると赤いバーの設定が可能になり、設定された通信量に達すると3G通信を制限します。（端末側が制限するだけでドコモが行っている訳ではありません。）
こちらも赤いバーで上下に移動して設定しますが、不要ならチェックを外しましょう。

では、なぜこのような設定があるのか?
Xiの場合、1ヶ月の通信量が7GB（ライトは3GB）を超えると月末まで通信速度がとてつもなく遅くなってしまいます。（速度規制）
そのため通信量の目安としてこの機能があると思われます。
質問者さんはFOMAですので、7GBという制限もないのであまり意味が無いかもしれません。

例え2GBで警告が出ようと2.2GBで制限されようとドコモから追加料金が請求される事はありません。
単に端末（AndroidOS）の設定でそうなっているだけの話です。

パケホーダイフラットについて
FOMAのパケホーダイフラットは税込5460円です。明細は外税なので税抜5200円となっています。
テザリングをしない限りこれを超える事はありません。
ガラケーでパケホーダイフラット契約の場合も5460円になります。（iモード通信）
ガラケーでフルブラウザ機能を使っての通信では上限5985円となります。
スマホを通信端末代わりにしてパソコンやゲーム機などでネット通信をした場合は8190円に上がります。（いわゆるテザリング）
※128K通信なら5985円
という仕組みになっています。
つまりスマホ単体で使っている限り5460円を超える事は無いという事です。