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WMVはMP4が基本になっているコーデックです。
MP4は圧縮率が高く、あんまり変換元には向いていないコーデックなため、仕方がありません。一度圧縮された動画を更に圧縮するので画質劣化はよりおきやすくなります。なるべくは回数が少ない方がよいのですが。。

あたらしいVideoStudioなら直接1920×1080のmovを読み込んでも12よりは安定性が良いのではないかとは思いますが、Vistaだとスペックが高くないとおもうのでアップグレードはちょっと不安ですね・・・（体験版を使ってみるのはよいでしょうけど）

なので、現状対策があるとすれば

・変換ソフト側の保存のビットレートを最大にあげる
・VideoStuioでDVDを創る場合の設定を見直す
画面左下の「プロジェクト設定」をクリックして、「MPEG設定を変更」の「カスタマイズ...」を選択。「圧縮」タブのビデオデータレートを選択して8000になっている数字を9800に設定してOK（動きが激しい映像の場合は２倍時間がかかりますが2-passエンコードにチェックを入れるとより綺麗になります。）


ぐらいなのではないでしょうか。
http://www31.atwiki.jp/videostudio/


////////あとは、プログレッシブ、ノンプログレッシブがあるかもしれません。
例えばもうブラウン管やプロジェクターで再生とかせずに、液晶テレビや液晶モニターでみるだけなら「フレームベース」を選ぶことによってプログレッシブ化（ノンインターレース）が可能です。ためしにやってみるのもいいかもしれませんね。