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720ｘ480というのは、比率は16：9でも4：3でも無く、形的にその中間の比率である3：2です。
3：2というのは、
16：9を横方向につぶした比率、
4：3を横方向に伸ばした比率となります。
これは「スクイーズ」という規格の比率です。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%82%A4%E3%83%BC%E3%82%BA

DVDなど、S端子やコンポジット端子（黄色端子）で扱う様なビデオ映像の規格で使われる画面サイズです。
テレビ画面の規格で、ワイド画面が出てきた時代に、それをS端子等で映像を転送する為にギリギリのデータ量を模索した結果、作られた比率です。
昔のテレビは4：3（スタンダード）だけでした。だからS端子等は、そのデータ量に合った転送能力の規格だったわけです。
でも、時代がワイド対応となり、16：9のデータ転送が必要な時代になりました。
しかし、S端子等の規格ではそのデータ量を転送出来ません。
よって、生まれたのが、「スクイーズ」という、スタンダードとワイドの中間のデータを作って、それを転送し、表示する側でその比率を調整して直す・・・っていう方法が取られるようになったんです。



AviUtlのシステム設定画面の最大サイズは、1920ｘ1080で何の支障も有りません。
AviUtlの設定において、720x480という数字は何処にも入れる必要は有りません。どこにも使いません。例えDVDの映像を使うとしても、その数字は使いません。使ったら変な事になります。


AviUtlは以下の動画を参考にしてセッティングしましょう。
AviUtlのインストール方法、編集方法、AVI出力、MP4出力
http://www.nicovideo.jp/watch/sm13560379
http://www.youtube.com/watch?v=RsO4kXvjiTw