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どんなふうにやっているのかわからない部分があります。

＞カメラとパソコンをＵＳＢを用いて直接つなげ、取り込む方法でやっています。

EOS Utilityを使ってるんですか？

＞取り込んだ画像はハードディスクに移し、コピー完了したことが確認できれば、パソコン内から完全に消去しています。

「ハードディスク」とは外付けのことですか？ 「パソコン内」とは内蔵ハードディスクのことですか？

＞取り込もうとすると以前取り込んだものまで表示されます。

これはカード内の画像のことですよね？ 一度取り込んだ画像が表示されるのが困るのか、その画像を取り込んでしまうのが困るのか、どちらでしょう？

＞一眼レフのほうでも撮影日ごとにフォルダ分けしています。

一眼レフのほう？ カード内の画像のことですか？ それを撮影日ごとにフォルダ分け？

カード内の画像はPCへのコピーが終わったら削除しましょう。カードは画像の保管場所ではありません。毎回空のカード（画像を削除したカード）なら取り込む時に画像がダブルこともありません。いつまでもカード内に画像を残す意味も無いと思いますが…。

何らかの理由でカード内に画像を残す必要があるなら専用のカードを用意して、それに新しい画像をコピーしていきましょう。そのカードは撮影時に使うのではなく、あくまで画像の（仮）保管場所です。