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スロットについては、
青いのが、仕様の「PCI Express 2.0 x16×2」
白く短いの+黒く短いのが、仕様の「PCI Express x1×3」
白く長いのが、仕様の「PCI×2」
になります。

仮に変換するようなものがあったとしても、
ブラケット部分がネジ止めできずに浮いてしまって
使えないと思うのですが・・・
（そのまま使うと、増設したボードが認識されなくなったり
下手をするとずれ方によってはマザーボードともども・・・）

LANはバックパネルに１つのようなので、
足りなければ増設するのはわかりますが、
USBが6つもあって、内側にも６つUSBのピンヘッダがあるのに
わざわざUSB2.0のボードを増設する理由がわかりません。
（USB3.0のボードとかならまだわかりますが）
内部のUSBピンヘッダから外部に出すブラケットも付属している？
（（USB 2.0/1.1×2、IEEE1394a×1）ブラケット×1と仕様に書いてある）
ようですし、無いようでしたら
http://www.pc-custom.co.jp/catalog/data/307-000072.html
こういうのもありますので・・・

なるべく増設するボードを減らさないと
IRQの共有がおきて、
それがうまくいかない場合
片方は認識できて使えるけど、
もう片方が使えなくなった・・・とかありますので・・・

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追記）

peg_51b_hjさんの回答から、過去の質問を見てみましたが
LANは故障？のようですが、
USBは「ついでに、USBも増設したかった～」ようですので、

LANは仕方ないとしても
USBの方は、ただついで～というだけでしたら
外して、最初からついているもの＋内部のピンヘッダを
使った方がいいです。

先にも書きましたが、あまりボードをつけ過ぎるのも
よくないので、本当に必要なものだけ残して
最小限におさえましょう。

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補足について）

「LANのほうもPCIとPCI Express x1どちらがいいのかを知りたいです。」
との事ですが、
「ドライバーを更新したら直りました～」なのでしたら
LANについてはオンボード（最初からマザーボードに付いていたもの）
を使用すればいいわけですし、もう増設について考える必要はないかと・・・

あと、「SD-PCIPCMS-A4の不具合～」ですが
こちらは、先にも書きましたが
ボードの増設しすぎによるIRQ共有の不具合かもですので、
他の増設ボードを外してSD-PCIPCMS-A4だけにして
認識されるかどうか確認してください。
それで認識されるようでしたら、
やはり他の不要なボードをやめて
USBについてはマザーボード上のピンヘッダを利用する等した方がいいと思います。