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・Shiftキーを押しながらiTunesを起動
・新規ライブラリを作成＞（自分の）ミュージックフォルダーを選択
・ミュージック＞iTunes＞iTunes Media＞Musicから必要なものだけをiTunes画面にドラッグ。

ミュージック＞iTunes＞iTunes Media
ミュージック＞iTunes＞iTunes Library
というような、ファイルやフォルダがありますね。
iTunes Mediaは共有していいですが、Libraryはアカウント別に作ります。
iTunes Libraryを共有してしまっているので、AとBで同じライブラリになってしまってるのだと思います。

ちょっと回りくどいかも知れませんが、iTunesの仕組みから説明します。

iTunesはプレイヤーです。音楽ファイルの管理と再生を担っています。
何を再生しているかというと、ミュージック＞iTunes＞iTunes Media＞Musicの音楽ファイルです。
その音楽ファイルを再生するために、ファイル＞開く＞ミュージック＞…なんてやってたのではゆっくり音楽を楽しめない。
だから、すぐさま目的の音楽ファイルを見つけることができるように、Macに保存された音楽の一覧をライブラリとして表示しているのです。ファイルへのリンクを持っていますからリンク集と考えてもいい。このリンク集＝ライブラリの本体が、ミュージック＞iTunes＞iTunes Libraryです。

ソフト自体は中に音楽を持っていませんから、本来は起動した直後はWordやExcel同様、白紙の状態から「さて、これからどうします？」というユーザの指示待ちになるはずですが、まずはライブラリを開くに決まってます。起動時は、勝手にiTunes Libaryファイルを読み込んで、今までに蓄えてきた曲を表示するようになっています。このiTunes Libaryファイルを個別に作って起動時に読み込ませるようにするのが、冒頭の操作です。

もっと細かいことを考え始めると、音楽ファイルを個別に保存するか、共有するか、それによって設定が変わってきます。
改めて相談くだされば対応します。

Re:補足
iTunes Mediaフォルダー、iTunes Libraryファイル、これらは別々に置いてもバラバラに置いても関係ないです。自分の都合で好きに置けばよろしい。

まず現状を確認しておきたいのですが、
・iTunesフォルダー（iTunes MediaフォルダーやiTunes Libraryファイルを含む）が外付けHDDに保存されている。
・環境設定＞詳細＞iTunes Mediaフォルダーの場所：が外付けHDDに設定されている
・共通のiTunes Libraryファイルを開いている
という理解でよろしいですか？

では手順を説明します。
１）外付けHDDのiTunes Libraryファイルを自分用のミュージックフォルダにコピーする。
２）Shiftキーを押しながらiTunesを起動。新規にライブラリを作るか選択するか聞いてくるので、今自分のフォルダにコピーしたiTunes Libraryファイルを選択
Aさん、Bさん、それぞれが同じ操作をします。
これで音楽ファイルを共有しつつライブラリは別々に持つことができます。
iTunes Libraryファイルは、保存されている音楽ファイルの場所を
C:Users(あなた)MusiciTunesiTunes MediaMusic(アーティスト名)…
というように、絶対的な値として持っていますから、動かしても正常に機能します。

ライブラリは別々になりましたから、今後Aさんがインポートした曲が直ちにBさんのライブラリに入ることはありません。
Aさんがインポートした曲を、Bさんも聞きたいと思えば、そのファイルを自分のiTunesにドラッグするという操作が必要です。