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プロテクトフィルターの影響が出易いのは逆光や強い光源が画面内、あるいは画面の周辺に有る場合が多いです。
添付されてるような状況だとフィルター以外の条件がシャープネスに影響してると思います。

原因は色々有りますがいくつか書き出してみます。
レンズのAF精度、ピントテストをする事で確認できます。心配ならメーカーにボディと一緒に調整に出す事でかなり良くなります。
シャッタースピード、鳥の羽毛まで解像させようとするとレンズの焦点距離の1.5倍から2倍程度は確保した方が無難です。
三脚を使ってても相手が動くとぶれるのでできるだけシャッタースピードは速い方が良いです。
お使いのレンズなら絞り値開放でもそこそこは解像力は有りますが1段ほど絞った方がさらに良くなります。
あまり絞り過ぎると逆効果になります。（7DだとF11くらいから解像度が低下しだします）
測光方式も影響する場合が有りますが鳥だとスポット測光の方が周りの明るさに影響されずに適正露出が得やすくなります。
AFは動体追尾の方が良いですよ

ここからは天候環境からの影響
光の当たり方が順光より斜めや横方向からの方がデティールは出やすいです。
同じく曇りより晴れの方がメリハリが出ますが直射光が強過ぎると逆効果になります。
動物の毛並みを綺麗に写すなら斜光から逆光が綺麗に写ります。

他にも有るとは思いますが・・・

後はjpegならカメラ内のシャープネスやコントラストを強めにしたりRAW現像時の調整で結構変わってきます。
キャノン機は特にjpegだとレンズやセンサーの解像力を引き出しきれないのでRAWから現像した方が解像度は稼げますよ。

ちなみにプロテクトフィルターは余程、雑な扱いをしない限り交換する必要は無いです。
キャノンの望遠レンズの場合、前玉は硬度が高い素材が使われてますしコーティングも耐久性の高いタイプが使われてるのでプロテクトフィルター無しでも大丈夫だとは思います。
高いプロテクトフィルターを定期的に交換するくらいならその頻度でメーカーに点検調整に出した方が余程ちゃんとした写真が取れますよ。