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変換で確実に画質は下がります。
「変換」とは「エンコード」という作業なのですが、
動画ファイルや音声ファイルの編集に置いて「エンコード」というのはイコール「劣化」と考えて良いです。

また、MPEG-2は当然のようにMPEG-4の前の世代の動画規格です。MPEG-4の方が性能が良いので、わざわざMPEG-2にしてしまうのはもったいない事と成ります。


「iVIS HF S21」は、調べてみると、「AVCHD」ですね。
http://cweb.canon.jp/pls/webcc/wc_show_contents.EdtDsp
「MPEG-4 AVC／H.264規格の動画」と言うより「AVCHD規格の動画」と言った方が良いでしょう。
「MPEG-4 AVC／H.264」と言うと「MP4ファイル」の事をさすことが多くなってしまうので。

ちなみに、「MPEG-4 AVC／H.264」と言うのは、「MPEG-4 AVC」＝「H.264」と言う意味です。規格に名前が２つ有るということ。

「AVCHD」というのは、確かソニーやパナソニックが共同で規格した動画規格で、「H.264」を使って作られた、ビデオカメラに特化させた動画規格です。
http://ja.wikipedia.org/wiki/AVCHD
キャノンもそれを使っているという事ですね。


AVCHDを編集できるソフトはあります。
というか、今どきの動画編集ソフトはAVCHDは当然のように扱えます。
ムービーメーカーでもAVCHDを扱う方法はあります。でも、ムービーメーカーは低機能で低画質なので使わない方が良いです。特にAVCHDのような重いデータは、使うと高確率でバグって止まります。


市販のソフトでお薦めはこんな感じです。
EDIUS Neo
http://pro.grassvalley.jp/catalog/edius_neo_3/edius_neo_3_index.php
Adobe Premiere Elements
http://www.adobe.com/jp/products/premiereel/
Vegas Movie Studio
http://www.sonycreativesoftware.com/moviestudiopp?lang=JPN

各社のサイトを確認してもらえれば解るのですが、全てAVCHDをサポートしています。世界的企業のソニーとパナソニックがビデオカメラ用として使っている規格ですからね。対応しないと動画編集ソフトとして成り立ちません。

それぞれ、店頭価格で1万円～くらいです。アマゾンとかでも買えます。
アカデミックパック（学割）なら数千円で買えます。←厳密な審査あり。