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画素数が少ない事より必要な光量が足りないので出てくる暗部ノイズだと思います。
ISOを上げれば上げるほど光量不足の時の暗部ノイズは出やすくなります。

キャノンのS90はスペック上は明るいレンズのように書いてますが実は広角側だけが明るくて望遠側になるほど普通の暗いレンズに近いです。
結局ISO感度を高くしないと撮れないのでシャッタースピードやノイズ的にはそれ程、優位性は無いですね。
室内でフラッシュを使いたくないような撮影ならパナソニックのLX3の方が余程綺麗に撮れます。
（広角側F2、望遠側F2.8、望遠側の焦点距離は60mm短めですが広角も含めて室内では使いやすい設定です）
フラッシュも使って綺麗に撮りたいならフジフィルムのF70EXRやF200EXRが向いてますね。
（EXRモードにすればコンデジの中でもトップクラスです）

一眼レフのF1.8やF2は同じF値のコンデジよりピントの合う範囲が狭くなるので明るさは一緒でも写した写真の感じは大分違ってきます。
焦点距離にも寄りますが35mm換算で同じような画角にした場合、F2だと目にピントが合ってると耳などはボケてくる感じです。
横顔だと手前の目にピントを合わせると奥側の目はピントが外れる感じです。
フラッシュ使って絞り値を大きくすればコンデジと同じ位のピント範囲になってきます。
ボケを有効に写真に生かしたい場合は一眼レフ＋F2など明るいレンズは有効ですがピントの合う範囲が狭いので上手く撮るには良く考えて画面構成しないといけなくなります。
真ん中被写体、周囲がボケだといつも同じ写真になってしまっていますしね。

基本的に明るいレンズを使っても室内はフラッシュを上手く使う方が表現範囲も広くなり綺麗な写真が撮りやすいですよ。
最近のカメラなら付いてる事が多いですが調光補正でマイナス目にしたりフラッシュの発光部に薄い白い紙を貼ったりして光を弱く柔らかくすると良い雰囲気で写しやすくなります。
何よりシャッタースピードが稼げるので被写体が動いてもちゃんと止めて写せますし。

撮影方法も含めて次のカメラを選ぶと良いですよ。