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D3000は2009年8月発売ですから、発売からすでに3年目に入ります。またすでに1年半ほど前に生産が終わっています。
D3100は2010年9月発売の、D3000の後継機種にあたる現行機種です。

【D3000】
1,020万画素CCDセンサー
最高感度ISO1600（拡張でISO3200）
初心者でも簡単に使える「ガイドモード」搭載
SDHCカード（32GBまで）対応

【D3100】
1,420万画素CMOSセンサー
最高感度ISO3200（拡張でISO6400）
新型画像処理エンジン「EXPEED 2」採用
ライブビュー撮影（背面液晶を見ながらの撮影）が可能
フルHD動画撮影可能（10分まで）
「ガイドモード」搭載、さらにモードが増え便利に
SDXCカード（48GB～）にも対応

デジタルものですから、特別理由がない限りはできるだけ新しい機種が良いです。
また、未だにD3000を売っているということは、1年以上在庫をもっている店ということなので、よほど不人気店かよほど価格が高いかと思われます。


運動会などで使用するのであれば、望遠レンズは必須です。
同じレンズはあとからでも購入することはできますが割高になるので、セットで購入した方が良いかと思います。

ただ、かつてD3100ダブルズームキットは「55-300mm」と結構望遠が効くレンズがセットだったのですが、昨年夏から「55-200mm」とちょっと控えめの望遠レンズになっている点が注意です。その代わりコンパクトサイズにはなっています。