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データはA1からA1000に書かれているとします。

B1セルに =ROW(B1) と入力してください。

C1セルに =COUNTIF(A$1:A$1000,B1) と入力してください。

B1とC1をコピー元として､縦方向に1000行コピーしてください。

B列の数値がA1～A1000までの中に何個あるかがC列に表示されています。

これで大丈夫でしょうか。
不明な点や、不都合があれば補足で聞いてください。


●●●追記●●●
先の回答のB列をD列へ移動、C列をB列へ移動してください。
さらに新しくC列､E列を使います。
A1～A1000がデータ列。
B1は =COUNTIF(A$1:A$1000,D1)⇒⇒D列を参照し歯抜け数を0と表示しています。
C1は =IF(B1=0,COUNTIF(B$1:B1,0),"")⇒⇒歯抜け数の上から累積カウントをしています。
D1は =ROW(D1)⇒⇒1～の歯抜け数をチェックするための連続数を表示しています。
E1は =VLOOKUP(D1,C$1:D$1000,2,FALSE)⇒⇒歯抜け数を上から順に抽出しています。

そして､B1～E1を縦方向にコピーしてください。
E列に歯抜け数が上から順に並んでいると思います。
式を入れ子式にすれば1つの計算式にすることも可能ですが最初はバグをチェックするためにも式はばらばらにしておいた方が無難だと思います。

作業状況がイマイチよく分かりませんが、データがB･C･D～と多いという事なので、ここで書いたB～E列の計算式は別シートに計算専用シートとして独立させ式を入れ子式にした方がいいのだろうと思います。

再補足が可能かどうかは知らないのですが、不明な点や不備がありましたら再質問してください。
質問者さんの歯抜け数の抽出は関数で処理可能だと思います。