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「同期」をするのですから、同期の設定で指定されているものはきちんと同期します。つまり3GSの内容はPCに移りますし、PCの内容も3GSに移ります。ですのでどれだけきちんと同期の設定ができるかにかかっています。

同期の設定をするには、まずPCのiTunesの「（環境）設定…」のデバイスタブで、iPhoneを繋いでも自動同期しないようにしてください。その後iPhone 3GSを接続して、同期の設定を調整して同期させたくない項目は同期させないようにしてください。この設定を間違えれば、最悪iPhone 3GSの中身が空になったり、PCの中身が3GSの内容に置き換わったりしますので慎重に。

設定をしたら「（環境）設定…」を元に戻して、iPhone 3GSを接続しなおして自動同期をしてください。