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まず、JailBreakとは。

Apple非公認。
実行した場合完全自己責任。保証適用外。
法律違反ではない。

CydiaとはJay Freeman氏が運営するApple非公認アプリ（その他プラグイン等々）のインストーラです。
以前はInstallerが主流でしたが、OS3.0で廃止、Installerチームは軽量Cydia互換アプリ、Icyのサポートを現在行っています。

よく注意して行えば簡単ですし、故障の確率も低いです（とはいえ完全自己責任ということをお忘れなく）。
Cydia自体はiPhoneのOSを改造する際に自動インストールされるので、ダウンロードする必要はありません。

ちなみに「ホームボタンの背景が着せ替えられるアプリ」とはWInterBoadというアプリのことです。

どういったものなのか？という質問の答としては、
「ただ単にアプリケーションというだけでなく、システムの根幹をもカスタマイズできるようになる。｣
というものが一番適当かと思います。

僕のブログで改造方法等を取り扱っています。
興味があるのなら一度ご覧下さい。

http://blog.livedoor.jp/dr_macmanblog/